Французская Школа «Анналов», созданная М. Блоком и Л. Февром в послевоенный период и издававшая одноименный журнал, ставший на долгое время лидером данного историографического направления, фактически оформила и популяризировала культурно-исторический подход и соответствующий ракурс рассмотрения мышления человека через призму той исторической эпохи, которой он принадлежит. Заданное направление катализировало множество работ на тему особенностей мышления в Древнем Египте, европейском Средневековье, семантического анализа древних текстов и т.д. Большинство этих работ, будучи известны узкому академическому кругу, до широкого читателя в России дошли только в 90-е гг.
Параллельно с началом активной деятельности Школы «Анналов» во Франции в России в МГУ возник Методологический (сначала назывался Логическим) кружок. В рамках кружка обсуждалось множество вопросов, связанных с методологией мышления, алгоритмикой мышленческих операций, категориями истинности и ложности отдельных мышленческих конструкций в рамках того или иного подхода, что, в конечном итоге, привело к появлению и распространению понятий предписаний и протоколов по отношению к мышлению человека. Методологический кружок продолжал традиции деятельностного подхода, заложенный еще в предыдущий период и рассматривал мышление в деятельностной парадигме. Понимание того факта, что различные протоколы эффективны в различных деятельностях и нужно иметь некое «надмышление», которое способно оценить в каких деятельностных ситуациях применим тот или иной протокол, и привело к появлению понятия особого «методологического мышления», связанного с особым типом рефлексии, с чем и была связана смена названия с «Логического кружка» на «Методологический». Таким образом, еще в эти годы были поставлены вопросы, разбираемые современной Школой Мышленческих Протоколов. К концу 70-х годов кружок распался, а сами методологи (как стали называть людей, вовлеченных в контексты деятельности кружка) увлеклись технологией ОДИ (орг-деятельностных игр), созданной Г.П. Щедровицким, и выпустили из фокуса рассмотрения рассмотренную выше проблематику.
Повестка возродилась в рамках движения педагогов-новаторов, пик которого пришелся на 90-е и первую половину нулевых годов. Связано это с попытками интегрировать подходы, развиваемые культурно-историческим направлением к рассмотрению мышления человека, заданные еще французской школы «Анналов», с педагогической практикой и дидактикой при изучении исторических эпох в курсе истории, а потом и переносе этого подхода на дидактику в целом и постановку вопроса о смене фокуса в образовательном процессе с ЗУНов на развитие иных единиц, в том числе мышления и компетенций. В частности этот подход культивировался в практике работы частной Школы «Перспектива» (г. Москва), от туда повестка перекочевала и в группу «Метавер», пропагандировавшей новые подходы к образованию и являвшейся предшественницей АСИ и НТИ в развитии многих тем, подхваченных этими институциями и поддержанных государством. К этому времени активисты подхода уже познакомились с наследием Московского методологического кружка, взяв на вооружение понятия протокола и предписаний по отношению к процессу организации мыследеятельности. Синтез, обобщение и популяризация данной повестки и имеющихся знаний на данный момент осуществляется в рамках проекта «Метаверситет» (Питербург и Москва).